事态紧急，参与秘密商议的将领立即分头进行联络准备。由于这一次清洗行动涉及的人员太多，柯林斯对军队将领又不是很熟悉，想了很久只背出来十二个，这样一来弄得人人自危。于是在星际舰队总参谋长丹尼斯一级上将的策划下，调集了七个舰队的兵力，秘密集结在麦哲伦星系上空，高野直树和柯林斯也利用职权调动了十一个战队共计三十八万人的地面部队。

五月十三日凌晨二时，随着丹尼斯一级上将一声令下，麦哲伦军事政变爆发，叛军一举控制了首都星系，二时十五分攻占了首都星球，包括海因里希总统在内的一千八百多名政府官员和总统派将领被捕。

五月十三日上午八时，丹尼斯发表全息传真讲话，宣布废除海因里希政府，建立新的军事政府。由于这一次参与政变的将领大多是二十多岁三十多岁的少壮派，虽然各拥重兵，其中不乏足智多谋之士，却没有一个人真正符合众望，包括已经四十五岁的星际舰队总参谋长丹尼斯一级上将在内。经过一番争执，大家谁也不服论证，最终决定搬出星际舰队总司令布莱顿布雷斯特五星上将。

布莱顿布雷斯特少年成名，二十一岁就担任舰队司令，二十八岁担任兵团司令，四十五岁出任星际舰队总司令，为人温和，处事方正，在军队中拥有相当高的威望，很受高级将领的拥戴。布莱顿布雷斯特现在已经八十三岁了，按照麦哲伦星际共和国《军事法》的规定，五星上将级的军官八十五岁退休，在军旅生涯的最后两个年头，他只想平平安安地度过，因此在政治上采取中立态度，总是一味地与人为善，追求更高职位的热情早已经消逝了。

可是现在他却被众人推了出来，由不得他不同意。五月十三日下午二时三十分，新的军事政府通令全国，宣布布莱顿布雷斯特接任共和国总统，号召全国武装力量归顺新政权。鉴于新政府调集了大批兵力，随时准备镇压反对势力，很多将领又与政变者有着千丝万缕的联系，到五月十八日，绝大部分的警察、地面部队和星际舰队先后宣誓效忠新政府。也有一些海因里希的嫡系舰队拒不承认布雷斯特政府，有的甚至挟持星系政府宣布独立，新政府立即派兵攻击。这些各自为战的零星舰队如何能够抵御政府军，没几天就被纷纷击溃，残部逃出麦哲伦不知所踪。

五月二十日，布莱顿布雷斯特发表就职演说，宣布在全国范围内实行军事管制。为了迎合民意，遏止动乱，尽可能地清除旧政府势力，巩固刚刚建立的军事政权，新政府进行了一系列大刀阔斧的改革。

五月二十日下午，军政府公开处决了政变中逮捕的七百八十名民众公认的贪官污吏，并在全国范围内展开搜捕贪官污吏行动。这一行动立即调动了普通民众的热情，很多人主动参与到反腐败行动中来，很多的贪官污吏都是民众扭送到军政府去的。

四面八方都有军警人员严密封锁，大街小巷都是群情激愤的民众，躲又躲不了，逃又逃不掉，那些从前作威作福不可一世的政府官员惶惶不可终日，在战栗和绝望中等待末日的到来。正好相反，原本怒火如潮的民众找到了宣泄途径，立即从游行示威的行列中撤离出来，加入到搜捕贪官行列，事实止从对抗政府转变成支持政府了，全国性的大动乱不知不觉缓和下来。

从五月二十日到六月十日，全国共计逮捕大小官员一亿六千余万人，其中三千二百多万人被处以死刑，超过一亿人被判处有期徒刑、流放或终身监禁。因为审判机关的腐败现象最为严重，绝大部分的官员和相当多的审判人员都被逮捕了，各级法庭早已土崩瓦解，为此军政府专门设立了军事法庭，从军队中抽调法律专业人员来进行这一次超级大审判。可是案件实在太多了，如果全部按法律程序办理的话，只怕十年也办不完。于是这些审判大多流于形式，基本上是以民众意愿为标准判定，这里面当然就有一些人被误判或者量刑不准，不过总体来说审判效果并不比正规审判差。原因很简单，正如当时民间流行的说法——即使把全国官员都枪毙了，也没有几个是冤枉的。

从这一次的大规模反贪官污吏行动中获利最大的当然是军政府，不仅成功地精减了政府机构，还掠取了超过八百万亿元的现金和物资，相当于麦哲伦星际共和国三十年的财政收入。更为重要的是，布莱顿布雷斯特仅仅拿出一百二十万亿元来重建城市，补贴企业损失和民众生活，立即赢得了全国上下的普遍拥戴，一场天翻地覆的动乱迅速平息下来，社会秩序又渐渐恢复到正常状态。

布莱顿布雷斯特政府还对政府体制进行大改革，在总统之外设置了一个首相职位，主要负责政府的常规管理工作，因为军方实在没有这种人才，同时也要稳住那些没有受到涉及的政府人员的心。

为了进一步体现新旧政府的区别，布莱顿布雷斯特下令全国免征三年赋税，这一措施得到了各个社会阶层的拥护，社会矛盾大大缓和，社会生产开始复苏。到银河历一一五年秋冬时节，麦哲伦星际共和国又恢复了生机勃勃的气象。