十月，号称最强的杀手——死神（第二代）出动。先前因为乌间的冷漠而愤愤离开比琪老师离开学校，死神找到了她。随后趁杀老师去巴西看足球的时候，来到e班，以比琪老师为人质，要e班学生在不告诉乌间老师和杀老师的情况下前往指定地点。
杀老师发现异常，并联络乌间老师前去营救。此时学生们正被死神抓住在牢笼中，而当杀老师与乌间老师赶到时，发现学生们已经全部落于死神手中，但此时的死神（第二代）并不知道他面前的杀老师便是当初被他背叛而夺取身份的初代死神。这时死神（第二代）以比琪老师和学生为人质，警告杀老师不要轻举妄动。但比琪老师早已与死神合作了，于是便偷袭了杀老师，使他落入陷阱。在确认了学生的安全之后，杀老师打算将栅栏破坏，但栅栏是使用“对老师有害物质“杀老师无法轻易逃出（杀老师原打算用舌头舔坏栅栏，被阻止），但此刻死神说出自己的计划：将附近河流的水导入牢笼中，水压会将杀老师推进栅栏中，将其置于死地。但这样就连学生们也会受到伤害，乌间老师面对死神的拉拢，还是决定以学生的性命为重，阻止死神。
但死神率先一步赶往操作室，乌间老师急忙追上，这时比琪老师与死神夹击乌间老师，比琪老师向乌间老师说起了往事，并声称只有和自己有着相同的经历的死神才能理解自己。但其实这也是死神的计划，死神只是编造了跟伊莉娜相同的身世来骗取她的信任，这时死神却将装在天花板的炸弹引爆，使乌间老师和比琪老师被墙壁埋没。并称自己早已将伊莉娜当成弃子来使用了，这时乌间老师准备追上死神，但杀老师和同学们却让乌间老师不要丢下比琪老师。在经过仓桥的劝说下，乌间老师决定将比琪老师救下，并向她道歉。
随后死神发现牢笼中空无一人，以为被他们逃脱了。但其实是杀老师与学生们利用油漆，染上了与四周相同的颜色，使死神误以为他们成功逃脱了牢笼。于是他决定亲自动手，在返回的途中遇到了伊莉娜.，伊莉娜吸引了死神的注意力，而使乌间老师成功偷袭死神，将其打入地下。随后两人展开了肉搏战，这时死神露出他的真面目原来他为了能追求更高级的变装技术，早已将自己的脸皮剥下。
在战斗中两人不断使用自己自己的格斗技术，一时间难分上下。随后死神为了尽快分出胜负，使出自己的秘密武器-——死神的隐形镰刀。但杀老师在这之前，就先通过之前被死神杀死的人的死状，便推测出死神的暗杀手法。便在死神攻击前，将事先准备好的番茄汁喝下，将触手伸出栅栏，并将颜色变为与皮肤一样的颜色，贴在乌间老师的心脏处。在死神使出的秘密武器后，杀老师的触手刚好挡住了死神的攻击，喝下的番茄汁从触手喷出。死神误以为这是血液，放松了警惕。乌间老师趁机向死神的要害（下体）攻击，击倒了死神。
随后，乌间老师打开了牢笼，救出了杀老师（不情愿）和学生。学生们原谅了伊莉娜老师，并让她继续回到学校教书，乌间老师将从死神夺来的玫瑰花送给伊琳娜，伊莉娜欣然接受。
在第二学期期末考试过后，茅野枫利用杀老师在整理道具时使用陷阱并露出隐藏在自己身上的触手偷袭杀老师。以为杀老师要攻击自己时，由于防御起来而暗杀失败。后来杀老师与e班同学得知了她的真实身份是原e班班主任雪村亚久里的妹妹——雪村亚佳里。
她原本是早已息影的天才儿童演员，艺名磨瀬榛名。在看望姐姐时目击了研究所爆炸并看到了染血的杀老师抱着死去的姐姐，所以认为杀老师就是杀死自己姐姐的凶手。从杀老师留下的文字中得知他的去处并从研究室得到了触手的种子。用一年的时间积累暗杀经验、预习杀老师行动模式并逐步布置陷阱。为了让别人认不出自己的真实身份，而把头发染成绿色。
之后茅野枫（雪村亚佳里）对杀老师下战书，让他明天晚上到一个地方与她决斗。
之后在e班学生的要求下，答应e班会在事情解决后告诉他们，自己的过去
茅野枫再与杀老师决斗的当晚，由于全身火热而颈部异常冰冷，剧热跟激痛会让身体失去控制最后被触手吸光生命力而死亡。但她却反而利用剧痛使身体变得敏锐；将热量汇聚于触手上，用火焰攻击杀老师。被系成称为“使目前为止谁都杀不了的杀老师终于出现了被杀掉的可能性”。
但仅仅数十秒的战斗就被触手侵蚀了神经而感觉不到痛楚，露出了疯狂而病态的笑容。系成认为无论复仇有没有成功，这场战斗后几分钟内她可能就死定了。
但还尚存一丝理智，在不断重复着“去死吧”时，作出了“...杀老师，快杀了我...快救救我...”的发言
在杀老师认为一分钟后她就可能被触手吸光生命力而死，并且只要她的杀意跟触手的杀意一致，就无法剥离触手根部的神经。因此杀老师故意让她攻击弱点（领带下方的心脏）假装被杀，以此使触手的杀意弱化并趁机拘束茅野，在这时再由其他人做出某些举动使茅野忘却杀意。
后来渚做出了“我不会让你说的，说全都是演技什么的”的发言，并模仿比琪老师对自己做过的事，舌吻茅野致其流鼻血加昏厥，成功的使茅野的触手缩进体内。触手被杀老师拔除，没有了生命危险，但需要静养。
之后杀老师按约定告诉了e班学生自己的过去
在得知杀老师”死神“的过去后，潮田渚与赤羽业发生意见分歧，并对赤羽业示以反抗的眼神，赤羽业十分愤怒并放言“一只小母兔还敢反抗人类”，开始挑衅，潮田渚用三角绞反击他，后被前原阳斗、矶贝悠马拉开。于是杀老师制定分歧暗杀任务，潮田渚与矶贝悠马、茅野枫、神崎有希子等人站到救派，与杀派的赤羽业、冈岛大河、冈野日向、中村莉樱、寺坂龙马等人对战。在双方人数仅剩不多时，和赤羽业开始了两人对战。在战斗中处于下风，潮田渚使用“拍响”，赤羽业咬住舌头避免昏迷。后潮田渚使用手臂三角绞将其困住，赤羽业本想用武器将其击败，后决心放弃，心甘情愿地输给了他。
分歧暗杀任务结束后，为了夺取能拯救杀老师的办法，潮田渚和同学们而潜入科技中心。在堀部营的支持下，潮田渚和赤羽业一同承载火箭升空试图获取与杀老师的相关研究资料，并受到宇航员们的热情招待并度过了一次难忘的课外实习。与赤羽业一同得取了资料后，靠律的资料读取和杀老师的协助成功回到e班。发现杀老师暴走后毁灭地球达到几乎不可能的几率。和e班的大家下定决心，直到三月毕业之前都要全身心地投入暗杀。
杀死杀老师
在后面，杀老师遭到了来自全人类的“暗杀”，在所有学生全部离开的放学之后，遭到了来自太空的人造卫星所发射的“对老师专用穿透激光”的400千米以外的远程巨大激光的攻击（武器俗称“天矛”），可以穿过一切事物，只用于击杀出触手生物。凭借杀手的直觉逃离了这一击之后，从周围的大厦放出的“对老师用穿透激光屏障”的禁锢，从伪装成公寓大厦的发射装置放出的激光屏障将整座山丘覆盖，从而实现禁锢杀老师的目的（武器俗称“地盾”）。因为之前躲避“天矛”的攻击的时候伤到了触手，所以没有来得及躲开地盾的禁锢，而且，因为“地之盾”连地下也进行了覆盖，所以即便是杀老师也没有办法离开旧校舍。
作为武器的天矛用两个缺点，一个是充能达到了100%，卫星的位置就会暴露无遗，晚上的时候比天上的月亮都要耀眼，这就是为什么需要“地盾”的辅助的原因。而另一个就是需要进行一个星期的充能，原计划是打算第一击的时候直接击杀杀老师，但是躲开以后，第二就是先将杀老师禁锢，然后进行一个星期的充能之后，能量达到100%以后可以对整个山丘进行无差别攻击，届时，杀老师必死无疑。
因为地盾的原因而遭到了禁锢，于是乎只能是在办公室里面修整毕业相册和进行扫除来打发时间。自认为一切都已经在这一刻结束的时候，自以为作为超生物的他已经无所畏惧的时候，作为目标的老师和作为杀手的学生在某一个瞬间有了一个共鸣：“想要和你见上最后一面。”
学生们在乌间老师和比琪老师的协助下成功潜入被佣兵团包围的山中校舍并成功见到了杀老师。学生们为杀老师带来了一周年纪念的生日蛋糕。而在此时，柳泽却带着被改造成触手怪物的二代死神进入地盾之中，死神以只有三个月的生命代价获得了最高时速40马赫，远超杀老师的身体能力与杀老师进行最后的搏杀。
最终，在杀老师与柳泽，二代死神的对抗中，杀老师渐渐凭借经验的差距弥补了性能的不足并在战斗中挽回劣势，柳泽随即命令二代死神全力攻击学生们。杀老师为了保护学生不断受到来自二代死神的攻击并渐渐不敌，而后茅野枫对杀老师进行援助却不幸被二代死神的触手贯穿，生死不明。看到倒在血泊中的茅野枫和在一旁嘲讽的柳泽，杀老师变成了暴怒的黑色。
杀老师想起过去与学生们一起度过的重要时光，将正确的橙色，错误的紫色，轻视的绿色，假正经的白色，好色的粉色融合在了一起变成了耀眼的白色，他将触手汇聚在了一起并对二代死神说：“徒弟，至少平静地毕业吧。”
随即释放出了威力巨大的喷射白光将二代死神与其身后的柳泽击飞，体内种植了触手细胞的柳泽以无法停止的速度撞向了包围山区的“地盾”。（漫画中得以存活，动画中死亡）
杀老师将二代死神斩杀于“地盾”上，在其临死前说：“等在那里相会后，再继续两个人一起学习吧。”
杀老师在二代死神触手刺穿茅野枫的一瞬间收集了茅野枫的体细胞与血液，复活了茅野。
伤重不治的章鱼让学生们杀死他，渚提出要亲自动手，在渚动手前杀老师最后一次为全班学生点名。最后由渚亲自动手，将匕首刺在杀老师的心脏上，随后杀老师化为了光之粒子，消散而去。
当然，从最先开始，章鱼便是注定要走向终结的，因为一旦它的细胞再也无法得到抑制，那么，随着它一起消亡的，将是整个世界。
没有人可以做出这个选择，也没有人有资格这样做，毕竟，他们的身后，是站着整个世界，而不是单一的某一个集团。
章鱼身体本身具有强吸水性，在潮湿天气中也会吸潮胀大，被形容为“如同生米一般”。一旦杀老师掉入水中，其全身（尤其是触手）会立刻吸水胀大，身体行动速度直线下降。这一点被暗杀教室的学生们和白先生等人多次利用过。
”心脏“这一致命要害，位置在杀老师的身体中央（领带上的月牙图案的位置），被“对杀老师物质”击中的话会一击必杀。
只要使杀老师缓解凝固，就可以大大降低在三月份的爆炸几率，之前奥田制作的是杀老师变成液体装的硅化物溶液，若定期服用，便可使杀老师的爆炸几率降低到1%以下。(但跟整个地球相比最后的风险太大，所以失败）
但还好，虽然章鱼的结局有些让人难以接受，可至少，他也是完成了最先开始，想要做成的事情。
它，成为了e班的班导，而它，也是教导出了一批，很棒的小伙子！