整个九月份对于高旭来说，几乎忙得透不过气的一个月。 ２３Ｕｓ．ｃｏｍ所谓百废待举就是形容高旭目前的境况。在每天的早上，高旭都是要抽时间来到高氏工坊之中。参与孙拐子在火器方面的改良计划，关注军需品生产方面的进度。大、小破虏炮的铸造成功之后，还有相应的炮车、定装火药炮弹规尺之灰的测准工具的生产，以及完善各种射程方面的参数。
由于崇明岛上资源贫乏，所有的煤铁、木料都依赖于外地。因为镇江清军水师的封锁，高氏在长江上游的商业渠道遭到极大的破坏，比如湖北大治的铁料，皖南的木材都无法运到崇明，高氏工坊所需的煤铁资源都需要从广东的治铁中心佛山等地购买。幸好南下的水运发达，暂时还能周转。
高旭有意识地把高氏工坊当作未来工业的摇篮，对于工匠们在创造力方面的培养与奖励可谓是不遗余力。对于一些创新项目，高旭只提供思路，具体的细节则是倚仗这些大明工匠们的探索。在相关的一些技术革新的交流之中，高旭发觉这些古代的工匠的创造性并不逊色，往往只要提供一个研究方向，在高额赏银的激励之下，他们总能找到解决之道。
对高旭来说，来到古代之后，诸多现代生活用品方面的缺失，让他感觉极大的不适应，比如铜镜，每天早上瞧着铜镜里自己那扭曲的面孔，那种违和感极为强烈。这使得高旭下决心在高氏工坊中开展玻璃制造的项目。有了玻璃，只能制造出镜子、放大镜、显微镜、玻璃器皿、军事望远镜以及建筑所用的宽大明亮的玻璃窗。
在十七世纪，西方的玻璃制造技术已极为成熟。但要进口西方的玻璃制品，却极其昂贵，比如西洋望远镜，一只价值千金。其实这玻璃制造技术并没有什么壁垒，制造玻璃所需的原料主要是沙子、石灰石，只需适当的配方和窑炉，就能建立起玻璃工坊来。在从澳门重金请来的葡萄牙玻璃匠的协助之下，到了九月底，高氏的玻璃工坊就初步成形。为了高氏工坊相关技术的安全与保密性，受严格监控的葡萄牙工匠一旦完成玻璃工坊的基础性技术建设之后，高旭就命人把这些外籍工匠送回去了。
很多技术革新只有想不到，没有做不到。比如镜子的制作，仅仅是把水银倒在锡片上就能制成；又比如镜片的制作，也只是直接用玻璃棒滴出来的罢了。至于玻璃杯之类的玻璃器具，完全可以用直接模型成型技术，即用熟铁打造两半对开的容器模型，沾起玻璃汁往里面吹，成型之后打开模子，切齐瓶口，用砂纸打磨模子的接缝细线，就能制成规格完全统一标准化的玻璃瓶子器皿。如此简单的玻璃模铸法技术，历史上欧洲要到十九世纪上半叶才发明。至于镜子的制造工艺，意大利威尼斯十四世纪就发明了，为了保密，把制造工匠关在孤岛终老一生，硬是保密了三百多年。
至于平板玻璃，高旭见过葡萄牙玻璃工匠的制造技术演示，是用吹制法，即先把玻璃吹成球，再弄成圆筒状，等略为冷却之后去掉两头，从中间剪开摊平，即成平板玻璃。这种吹制法受限于工匠的肺活量与玻璃气球的重量，高旭要想用上平板玻璃窗，成本非常高，也无法批量生产。当然，解决之道也极为简单，把融化的玻璃倒在铁桌子，等略为冷却之后，再用铁棍压平，就不受工匠肺活量与玻璃气球重量的限制，可以制造出大型的平板玻璃。
只要知道相应的方法，玻璃制造业的技术壁垒一文不值，这点对于平日爱看些闲书的高旭来说，毫无难处。而且玻璃制造所需的主要原料只是沙子与石灰石，成本极低，玻璃制造业是名副其实的短平快产业。当九月底，高氏工坊里的玻璃坊正式投入生产之后，高旭终于每日早里不用看铜镜内那扭曲的面孔，而且把高老庄内院的纸窗全部换成了明亮的玻璃窗。至于相关的玻璃制品，则成为高氏商业之中新的利润增长点。
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在九月上旬，同盟军的第一镇与第三镇两镇人马先后开出了崇明的训练营。徐玉扬的第一镇挺进浦东，徐鸿的旭卫营与马三炮的火炮营镇守吴淞。随后，高旭又调拨给徐鸿三个预备营，让他在吴淞城内以战训结合，把旭卫营扩编成镇，第三镇以后将以旭卫镇为名。另外赵天武与邬含蓄的两营人马则调出了第三镇的编制。
当第一镇与第三镇开出崇明之后，高旭没有让同盟军训练营空置下来，而是把新募的八个预备营组成的两个预备镇，开进训练营，让教导队进行新一批的军人养成训练。当然，这些预备营新兵基本上是没有上个战场的菜鸟，但其中的基层军官几乎都是第一镇与第三镇的老兵。由于同盟会运动的热潮，以及高旭最大限度地对民意的煽动，这些新兵都抱着驱逐鞑虏，恢复中华的崇高使命来参军，其迸发出来的战斗力也是不可小视。
所谓练兵先练将，高旭对于同盟军的军官建设历来不敢掉以轻心。白天所有的军官要与士兵们一起参加艰苦的体能与队列训练，到了晚上，队长以上的军官还要参习讲武堂性质的学习班，除了以戚继光的《练兵纪要》为主要教材的军事纲要培训，还要灌输以同盟会纲领为核心的思想教育。
在九月份，以同盟广场为核心的同盟会总部的基础工程仍然在如火如荼之中建设着。他借着同盟广场的人气，规划出商坊区与住宅区，靠买地皮从江南联合商会圈来了大笔资金，这些资金大部分用于从澳门购买西方火器，从广东佛山这个冶铁中心定购头盔、胸甲、冷兵器之类的军需品，其余全部投入同盟会总部的建设，可谓是不惜工本。到了九月底，同盟会总部已经初具规模。
对于时人来说，将来竣工的同盟会总部大楼的建筑风格极为与众不同。同盟会总部并没有那些江南园林的雕梁画栋，所有墙面以砖石砌成，并且刷成藏青色，窗户一律用高氏工坊出品的玻璃窗。同盟会总部呈五边形布局，分为五个区，在高旭的计划之中，这个五个区将来是同盟会五司的办公区，总部的中央区则是同盟会的最高机构参议堂。五司区是二楼的砖瓦房，而中央区的参议堂则有三楼，最高的第三楼将为是高旭的会长室。在高旭的规划下，整个同盟会总部的风格就是简洁、厚实、严谨而又大气，并且具有堡垒性的防卫能力。
随着同盟军的控制区的扩大，高旭急需一批通晓民政的基层干部。在高旭的构想之中，同盟军是军事上的硬实力，而同盟会则是政治上的软实力。到时同盟军在清军的手里光复山河，最终还需要一个有效的统治机构消化地方。在同盟军的控制区，绝不可能再把民政交给那些南明的贪官污吏去糟蹋。这就需要同盟会作为一个政治机构来治理地方。
同盟会初创不久，想要发挥效用，得需要时间去摸索经验。至于大致的组织构成，高旭虽然有了框架，但要进入具体的实践阶段，这需要一个契机。需要什么样的契机？或许需要同盟军的一场大捷，或许需要长期经验的积累。
高旭知道，开创性的事业并不能一蹴而就，一切都需要步步为营。
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对于九月份的江阴战局，高旭几乎每天都要参阅当日从江阴传到崇明的战报，密切关注战事的进程。在这新的一月里，阎应元同样没有让高旭失望，江阴城在他的主导之下，虽然形势逼人，但仍然坚持了下来。江阴众志成城的死守，博洛的屡攻不胜，使得战事又一次进入相持。强攻不下，博洛又抛出招降的橄榄枝，阎应元也给面子，每次都装作是要投降的样子，但最终又是说“不”。每次高旭收到江阴要降的消息之后，并没有像旁人那般担心，对于阎应元的能力与忠义，估计没人能像高旭那般确信无疑。
相对于江阴时断时续的攻防战，同盟舰队与清军水师为了争夺长江制江权的水战没有一天停顿过。高旭把赵天武的一营人马派到江阴充实同盟舰队的实力，以史战的水师第一营和顾三麻子的第二营牵制住耿仲明的清军水师之后，再派赵天武的水师陆战营骚扰清军长江沿岸的镇江、扬州等地，又派遣大量的同盟会会员潜入清军控制区宣传同盟会纲领，煽动反清热潮，扰乱清军的后方，并与上江中上游的反清势力联络，对满清占领区的稳定造成极大的动荡，这使得南京督抚江南的洪承畴焦头烂额。