张角领导的黄巾军失败后，除了张牛角率领的这支部队外，还有自称“神上使”的张曼成，带领黄巾军战斗在南阳地区；波才、彭脱等人率部转战于汝南、陈国 一带，由于张曼成、波才、彭脱等人在朝廷的心腹战斗，所以成了朝廷新一轮镇压的主要目标。
在南阳，张曼成部以重兵围攻宛城，遇到南阳太守秦颉的顽强抵抗，双方相持百余日，张曼成部已经成为一支疲惫不堪的队伍，不久，张曼成在挑战的过程中被冷箭射死，义军推举赵弘为统帅，继续进攻，终于攻克宛城，并把部队发展到十余万人。可是就在这时，朱儁率领汉军主力进抵宛城一线，会同荆州、南阳地区的地方武装围攻宛城。经过顽强奋战，赵弘多次挫败官军的攻势，守住了宛城。可是他未能乘胜出击， 扩大战果，使得朱儁能够重新集结力量，继续进攻。不久，朱隽运来从青州征调的投石器，战斗中，赵弘被巨石击中身亡，韩忠成为了新的统帅，又与汉军相持了一段时间。朱儁见强攻不易奏效， 这时便伪装撤围欺骗义军，暗布伏兵，伺机进击。
缺乏作战经验的韩忠，见汉军撤退，中计出城追击，结果在中途遭到伏击，损失惨重，韩忠只好投降，却被朱隽斩首，送到京城表功。黄巾军余部在孙夏带领下退保宛城，但因众寡悬殊，无法固守，在跟随而来的朱隽的疯狂进攻下，撤出宛城退向西鄂精山。朱儁跟踪追击，孙夏战死，义军牺牲者达万余人，南阳黄巾军斗争到此归于失败。
与此同时，波才部击败了想捡点战功的董卓的进攻，并乘胜围攻皇甫嵩于长社，形势对义军十分有利。但遗憾的是，波才军缺乏军事经验，依草结营，戒备不严，结果反被皇甫嵩深夜纵火烧营，实施突袭，造成义军的惨重损失。皇甫嵩会合董卓、曹操两部汉军，乘机进击， 大败波才军，残杀起义将士数万人。破波才义军后，官军乘胜进攻汝南、陈国义军。不久，波才义军余部在阳翟，彭脱义军在西华，又遭惨重打击，归于失败。
在朝廷进攻张曼成、波才、彭脱的时候，攻击涿郡遭到刘备坚决抵抗的张牛角在张燕的建议下，撤退到中山、常山、赵郡、上党、河内等郡国山区活动，短短几个月，就联络了数十万人马，号称“黑山军”，不过部属很多，大部有两三万人，小部有五六千人，他们共同推举张牛角为帅，开始了艰苦的斗争。
刘焉因为为皇室宗亲，加上他善于打点，眼见幽州又将成为一个风暴的中心，上下打点的他得以离开了幽州，成为了益州刺史，虽然刘焉身体不好，但是他的基业有他的儿子刘璋继承，所以也没有刘备的份，刘备只好请辞，投奔了他的同门师兄公孙瓒。新任幽州牧刘虞，到任第一件事情就是征讨渔阳张纯、张举兄弟的叛乱，公孙瓒推荐刘备给刘虞，刘虞见之大喜，封刘备为都尉，令其领兵出征。刘备引兵长驱直入，直捣张纯、张举老巢，与之大战数日，挫动其锐气。张纯带兵十分残暴，其手下人心思变，在刘备的策划下，张纯帐下头目刺杀张纯，将头献给了刘备，张举在部下皆反的情况下，也自杀身亡，刘备平定了渔阳之乱。刘虞向朝廷表功，朝廷升他为高堂县令，竟然成了田丰的手下。荣皋利用自己的权力，将之迁为平原郡丞，和田丰一起掌管平原，对抗迅速崛起的袁绍。如此一来，桃园三兄弟终于聚首，不过，他们都成了荣皋的手下，没有了自己独立在乱世一展身手的机会了。
前将军鳌乡侯凉州刺史董卓在镇压黄巾的战斗中无功，本来要被朝廷治罪，但他贿赂十常侍得以幸免，不仅如此，在何进的大力周旋之下，西州二十万大军反而成了他的手下，手握重权的他开始不满足于一隅之地称王了。
天下陷入了短暂的平静之中，但是各地方势力都在大肆扩展自己的军队，兼并小势力，扩大自己的地盘，平静只是暴风雨的前奏罢了。
暴风雨终于来临了。
灵帝由于长期沉迷于声色之中，中平六年（公元190年）四月，灵帝病笃，在何进的影响下，何进妹妹所生的皇子刘辩被立为皇帝。
大权在握的何进决定全面清算宦官势力了。他暗暗发出命令，命令出自于自己门下实力最为雄厚的几路地方势力——凉州刺史董卓、青州刺史荣皋、冀州刺史袁绍、衮州刺史曹操帅军进京助他剿灭十常侍势力。
一个月后，快马送来的密令到了荣皋手上，荣皋立刻召集身边众人对此事进行商议。
已经长伴荣皋左右的周瑜看了叹道：“宦官之祸，自古以来就有，如果要治罪，只要把为首的除了就够了，何必召集外来兵马呢，现在大将军想要一网打尽，事情肯定会暴露，我认为大将军此举一定会失败。”
已经从侍卫大营以十分优异的表现毕业的郭嘉也叹道：“天下又将为大将军此举而大乱呀。”
不过商讨到最后，荣皋还是决定帅一部前往京城。考虑到陆路要经过数个势力的地盘，所以荣皋决定走水路。此时青州水军督统已经换成了从侍卫大营少年队学习完毕的鲁肃，他利用自己所学兵法，在和甘宁的演习中，无一败绩，让甘宁心服口服的交出了水军督统大印。当然，这也是青州在荣皋的能者处其职政策下一种特殊的产物，几个老军侯，虽然在演习中和征剿贼寇的战斗中表现都远落后于从侍卫大营学习后出来的军官，因此被免职，可是他们自恃战功不服，被荣皋亲自操军棍一顿猛揍，打掉了半条命。当然了，荣皋事后做了大量的安抚工作。因而青州军中，无论士卒，还是军官都积极训练，积极学习，侍卫大营举办的短训班，期期爆满。
甘宁率领龙舰十艘、蛟舰二十艘、巡查小舰五十艘护卫着运兵和粮草的二十艘龙船、五十艘蛟船浩浩荡荡从黄河而上，只奔洛阳。随同他前往的文有郭嘉、周瑜、沮授和毛玠出谋划策，武有张飞、赵云、太史慈和甘宁冲锋陷阵，还有身经百战的两万水军和三千精锐亲卫，可谓人强马壮。只是由于马匹运输不便，只带去了一千匹强壮的战马，同时未雨绸缪的荣皋还带着一营医官五百人。程昱负责在荣皋不在青州期间处理政事，此时此刻毛玠的暗探已经遍布全国，荣皋除了掌握所有名单外，还亲自督管青州数万暗探，不过这个组织只有荣皋和毛玠全部知晓，其余的人都知晓一点，不太清楚，这也最大限度的震慑着下面的诸多官员。也正是有这个组织的存在，荣皋才对自己的手下了如指掌，不太担心他们会对自己做出多少不利的事情来。但是这个组织的破坏力太强了，所以当这个组织遍布青州之日开始，荣皋就让毛玠一直陪伴自己，便于控制。也幸亏处在那个时代，人们的思想中有一种对于强者的盲忠，才让荣皋的这个组织没有激起手下的不信任感，全心全意的为荣皋效力。
不甘于一隅之地称霸的董卓也接到了何进之诏，早有不臣之心的他心头大喜。他派女婿中郎将牛辅守住凉州，自己带着李傕、郭汜、张济、樊稠等人点起军马，陆续向京城进发。其谋士李儒向他进言道：“大人，我们虽然是奉诏进京，可是其中多有不便说出的隐情，不如干脆差人上表，名正言顺的进军，”董卓一听倒还是这么个道理，就让他上了一表，曰：
“窃闻天下所以乱逆不止者，皆由黄门常侍张让等侮慢天常之故。臣闻扬汤止沸，不如去薪；溃痈虽痛，胜于养毒。臣敢鸣钟鼓入洛阳，请除让等。社稷幸甚！天下幸甚！”
何进接表，将之出示给众大臣。侍御史郑泰谏道：“董卓是一个豺狼一样的人物。如果将他引入京城，必定会后患无穷的。”卢植对引董卓入京表示坚决反对，但是何进执意要引自己手下这个实力最为雄厚的手下来给自己助阵。郑泰和卢植眼见劝说无效，弃官而去，跟随二人弃官而去的朝中官员超过了大半。
张让等人得知何进招来大批兵马助阵，聚集起来商议道：“如果不先下手，等到外兵纷至，我们的实力将极大的弱于他。”随后，众人定了一计。
他们调集了亲信伏于长乐宫嘉德门内，然后众人装作可怜样去乞求何太后。何太后一介女流，看到泪涕俱下的众多宦官，不由得生了恻隐之心，被众人所骗，下诏让何进入宫。何进虽然受到主簿陈琳的劝阻，但是他已经被即将到来的胜利冲昏了头，执意要进宫去，已经提前到达的袁绍和曹操带领大队卫士前往护卫，但是在长乐宫前被阻止在了宫外，只身进宫的何进被张让等伏下的亲信杀死。
袁绍、曹操在宫外久侯不见何进出来，知道大事不好。一面全力戒备，一面暗暗去调集大军。在宫城上监视的张让眼见袁绍等人去调集军队，一商量，将何进的首级从城楼上丢下，道：“何进谋反，已经被诛杀，你们都是从犯，但是我等求情，已经免了尔等叛逆之罪，各引兵回属地去吧。”
袁绍、曹操大怒，率领大军大举攻城，与此同时，得知消息的何进的部下也帅军来战，十常侍的禁军如何是这些久经战阵军队的对手，加上何进的军队在平定黄巾的过程中大举扩编，人多势众，很快就攻入宫城。
果不如郭嘉、周瑜所料，天下又一次大乱。