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云贵总督甘文锟不愧是皇上的心腹，明知自己不免，却在闻得警讯的同时将情况告诉了来贵州办差的兵部郎中党不礼和户部员外郎萨穆哈，并叮嘱二人火速往京师示警。他带着两个儿子和一些下属逃往镇远，到镇远后他召集守城将士抵抗吴军。不想镇远守城官兵不愿与吴军为敌，反将甘文锟围住与要治罪。甘文锟无奈之下先杀了自己儿子，然后自尽而亡。
党不礼与萨穆哈，两人听了警讯一时竟吓的魂飞魄散，乘上快马，日夜兼程，一口气跑回了京城。两人直奔宫中，嘴里喊起：“反了，反了，吴三桂反了。”众臣忙问究竟，两人方把情形细说一遍。众人听的竟是呆了。
康熙听了消息心中也是喜忧各半，自己设想的一种情形竟真的发生了，看众人无语，他问道：“众位爱卿，此事该如何处置？”
众人中索额图资格最老，收受吴三桂的好处也最多，反对撤藩也最激烈，因为情况突变，一时没有细想就说道：“皇上，如今事已至此，当已安抚为上。对外可让吴三桂世居云南，停止撤藩之举。对内将那主张撤藩之人治以重罪，也好示以诚意。”说完眼里看看自己的大对头明珠。
康熙听了此言心中恼怒，厉声对索额图道：“一派胡言，撤藩乃朕心意，难道要朕给那老贼谢罪服软？”
索额图这才想起自己造次，吓得忙跪在地上磕头道：“臣罪该万死！罪该万死！”
康熙也不再对他多言，叮嘱各议政王和南书房学士赶快制定军事对策，探听详细消息，调集兵马，准备迎敌。众臣各去准备，康熙心里也倒松了一口气，他原想吴三桂奴才秉性，极有可能依旨撤藩，谁知他还真的反了。这虽也合了自己初衷，但究竟不是最好的结果。就是各地官员几乎满盘皆墨，也实在出乎意料，这汉臣究竟不能重用。还有就是此事自己办的有些急了，又要让一些汉臣看笑话了。当务之急是制定出作战方针，选调得力的将领到前线指挥，朝廷一切行止都要紧紧围绕着战争进行了。
过了几天，康熙几位议政王和军机谋士在南书房商议军情。康熙问明珠道：“可有最近的军情上报？”
明珠道：“最新的情报说道，吴三桂已据了云贵，正派人向湖南、四川进攻。湖南永州、靖州已陷。四川尚未有战报。”
康熙问：“广东、福建可有动静。”
明珠道：“现尚未有何消息。”
康熙问道：“卿等所议如何？”
安亲王岳乐道：“皇上，臣等认为当前应调四川、湖南、湖北、江西、广西各部围攻吴三桂。而另外广东、福建两地撤藩之事罢议。在京的吴三桂子侄应下狱囚之。”
明珠道：“京城里近来有伪称朱三太子者，说要纠集部众闹事，也应诛之。”
康熙想了想道：“即如此就依卿等所议行事。朕封顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，统领云贵前敌。特命刑部莫洛为经略大臣，总理陕甘军务。二藩停撤，加广西孙延龄为抚蛮将军。吴应熊等拘之。对京城内作乱者，务必严惩。平乱各地勿乱虏掠杀戮。”
勒尔锦、莫洛谢恩下去布置。先是两湖各地总兵各领镇兵前往湖南，共计有将士三万多人，无奈大家来自各地不能协调行动，各见吴军势大，也都一哄而散。湖南、四川皆不战而降，待到勒尔锦到得前线，方才稳些阵脚。
康熙十三年三月，吴军在四川、湖南捷报频传，各地归附者甚重，吴三桂势力大增。见此情形，镇南王耿精忠眼热心急，恰又接得吴三桂邀他共举大事的密函。这里就将手下大将曾养性、马九玉、白显忠等几个心腹召来商议对策。几个人原本就对满清恨之入骨，加上知道主公意愿，纷纷表示及早反了满清，也好为将来有个打算。耿精忠原本就对满清十分仇恨，今日众人所言，正合心意，于是他响应吴三桂在福建举起了反清大旗。他先拘禁了总督范承谟，并派出三路大军向浙、赣攻去。总兵曾养性出浙江攻温州、马九玉进攻浙江衢州，白显忠攻江西广信、饶州，各地军政官员原本就暗地交好，耿军一到投降者甚众。平阳总兵蔡朝佐降耿；温州总兵祖弘勋以城降耿。浙、赣一带累计归附者近二十万之众，一时竟是烽火四彻。
广东尚可喜接吴三桂密邀共同反清，尚可喜想事不易成，不从。吴三桂让耿精忠入广东逼之，耿精忠派人联络台湾郑经合图闽、粤，郑经合潮州总兵刘进忠共进广东。一时间各地警讯不断飞向京城，朝廷上下震惊。
康熙见各地汉将多附贼，心说到底是汉人不可靠。忙命贝勒尚善为定远靖寇大将军，助顺承郡王勒尔锦由鄂攻湖南；贝勒洞鄂为定西靖寇大将军，出助莫洛共攻四川；安亲王岳乐为定远平寇大将军，出师江西；康亲王杰书为奉命大将军，贝子傅喇塔为宁海大将军出师浙江；简亲王喇布为扬威大将军，镇守江南。八旗各营也都分调完毕，开赴前线。其中陕甘用兵二十万人，浙江用兵十万人，赣、湘、鄂用兵二十万人。
这里刚安排停当，那边广西又有警讯，广西将军孙延龄因不满满人欺压和妻子孔四贞做河东狮吼而反。孔四贞的父亲孔有德原本与吴三桂一样是明朝总兵，由于降清灭明有功被满清授定南王，只是在与南明战斗中全家被屠，仅余幼女孔四贞。孔郡主自幼在宫中由太皇太后抚养，与康熙可以说是青梅竹马的朋友。后郡主嫁与孔有德副将之子孙延龄，这才到广西住下。这孙延龄原本生的俊美，只是郡主仗者皇亲缘故日常将驸马凭般苛责，那满人也是屡屡垢污，孙延龄这驸马当的是十分的窝心。当吴三桂暗里密约共同抗清，他心底径自是应了。待到吴军平定云贵，他也借吴军势大为由顺势降了，一时间广西也归附了吴三桂。
陕西那里也有事情，陕西提督王辅臣原本是个土匪，又名马鹞子，为人奸狡。明末投降满清后他随吴三桂多年征战，南明王就是他从云南擒回杀掉的，为此朝廷提为陕西提督。王辅臣手下有陕甘绿营军数万人，而陕甘与之投契的汉将也是不少。康熙一直十分器重于他，不仅委以陕甘重权，其子在京也被授予大理寺少卿。原本王辅臣并无叛志，也曾将吴三桂密约谋反的信札上缴朝廷。只是莫洛原在陕甘任总督，此人刚愎自负，仗着满人威风，对众人百般刁难。对王辅臣这样的吴三桂旧将更是处处为难，诬陷诽谤。王辅臣是土匪出身如何能好？两人明争暗斗，互成水火，原已多次闹到京中，康熙都是好言相慰。这次让莫洛到陕西主持，也想让他们互为掣肘。听到莫洛要到陕西，王辅臣曾多次上疏恳请调离陕西，康熙皆未准之。谁知这次莫洛一到陕西就对西安将军瓦尔喀说要将提督以上将官都换成满人，瓦尔喀连忙劝住。但这已使王辅臣等汉将心生异心，纷纷算计谋起后路来了。康熙错用满人，使自己多年拉拢王辅臣的努力都付之东流。
莫洛一直以吴军势大，手下王辅臣又不听调遣为由在陕西磨蹭。直到康熙十三年六月，贝勒洞鄂到了陕西，莫洛才让王辅臣领兵前往汉中。而王屏藩稳住四川以后和四川总兵吴之茂率兵五万正要出川向陕西进攻，听得莫洛派瓦尔喀领王辅臣等率兵六万进攻汉中，忙隐蔽不前。瓦尔喀领王辅臣到汉中不见敌踪，逐又进至四川保宁，还是不见敌人踪影，忽有军士来报归路被断，粮草被截。众人无计可施，呆了几日再看看粮草、音信全无，大家越等越急，越等越怕，粮草看看要用完，禁不住互相埋怨起来。将士们齐声叫闹要瓦尔喀出来说话，瓦尔喀吓的发抖，忙带着几个亲兵逃了。看看他走了众人才不鼓噪，王辅臣看计议得逞，才和众人商议后计，有将提议：“早已受够了满人的鸟气，听说平西王善待汉人，不如我们去投了他，也好免了死罪。”王辅臣假装无奈依了众人反清归吴，王辅臣领着将士们在宁羌（今陕西宁强）埋伏起来，当总督莫洛领兵赶到是他们猛出伏兵，将莫落手下清军伤了不少。莫洛是个文人，未曾见过战阵，这时见有伏兵，也不顾手下伤亡，莫洛命令部下冒着箭雨径直前行。王辅臣故意高叫道：“前面可是莫大人么？”，莫洛起身答应，就直迎了过去。那王辅臣手下一阵乱炮，竟将满清西北经略大臣、陕西总督莫洛炸的粉碎。这边紧接着高喊：“愿降着可免死！”
清军见王辅臣势大，也都纷纷投降。招了降兵，王辅臣领兵归顺了吴三桂。他与王屏藩合兵后商议，由王屏藩力图陕西各府，自己则领人去攻甘肃。王辅臣广发平西王檄帖，邀各地汉军起事。陕甘各地总兵、都统大多与王辅臣有旧，辅臣一到，应者甚众，一时陕甘乱起。此时陕西合计已有吴军十六万人，而清军仅有八万，不得已洞鄂带五万人退守西安，吴军进至汉中。
吴三桂听说陕西得胜，大喜过望，特发银二十万两奖励有功将士，并授王辅臣平远大将军印及陕甘总管等职。王辅臣更是倾力效命，在陕甘狠杀起来。
而此时吴军在湖南军力已达二十万，勒尔锦一时不敢接战，连连败退。吴三桂领人攻入湖北，襄阳总兵杨来嘉从吴，郧阳副将洪福从吴，湖北近半陷于吴军。
康熙在朝整天收到各地叛讯，急的坐卧不宁，整日催促各方将领，奋勇向前。但由于叛军日益势众，加上许多都是新叛，原都对满清心有仇恨，故而作战十分凶悍。各地清军又不占优势，不时军中还有汉人叛逃，清军以避战为主，所以开战以来吴军竟没有遇到较大的损失。
康熙见战事不谐，忙召集王大臣和军机谋士商议。康熙说道：“近日里各地报警不断，吴三桂通过西藏喇嘛和折尔肯、博达礼传来求和信讯。众位爱卿有何见解？”大学士明珠针对吴三桂的求和建议提出：连续用兵，不使他有半分回旋之意。众人知道皇上心意，也皆附议。康熙依计采取了有效措施改变态势，首先他将吴应熊及其子世霖处以绞刑，以告世人与吴三桂战斗到底之决心，同时也断了一部分人要和吴三桂讲和之念；后又加紧研制和进口西洋大炮投入战斗；各地八旗军队和蒙古军队陆续派上前线；并采纳周培公等人的建议，以中间堵两头围的战术，以现有兵力在鄂、赣堵住吴三桂，不让其再向北发展。而在陕甘和浙江、福建集结重兵围歼王辅臣和耿精忠。康熙还特别叮嘱各地善待汉兵和百姓。
至康熙十四年，陕甘乱起。先是王辅臣进攻甘肃垅南得手，接着他分兵两路向平凉及兰州进攻，一时也多有收获。只是战线日益扩大，王辅臣渐渐有些自顾不暇。这时清甘肃提督张勇率手下总兵王进宝、孙思克与王辅臣抵死相拼。甘肃巡抚华善上疏朝廷：陕甘局面，辅臣与吴逆遥相呼应，各地为乱者甚重，就是西番土回也乘隙生变。今观西北战局，非勇不能守，非勇不能战，非勇不能克。然勇权轻言微，多方制擎。臣请敕勇独断之全，陕甘局面方可致变。
康熙见到疏折，细想陕甘局面，那王辅臣虽引了陕甘绿营近半叛变。可张勇等汉将手下也还有数万汉军，目前在甘肃平乱也以汉军为主。康熙作出了一个大胆的决定，授甘肃提督张勇靖逆将军，委以收复陕甘重任，兼管甘肃提督一职，可打理陕甘一切军务，总督不得节制，一切征剿机宜，听其便宜行事，镇将属地各官悉听调遣。不想此举竟成为后来平藩战争胜利的关键。
吴三桂占了云、贵、湘、川几处，原意是要与清廷讲和，还将折尔肯、博达礼两钦差放归京城传答求和之意，以求各守一半江山，故而一再踌躇不前。夏国相，胡国柱等将领屡次劝他渡江北上，会合王辅臣合击京师以图大宝，吴三桂皆不许。待听到康熙将其子吴应熊及孙世霖绞杀，恨的咬牙切齿的，忙调七万精兵，急攻湖北松滋，呼应王辅臣以绕道攻击京师。
勒尔锦和尚善各领兵三万与吴三桂接战，这场战斗是吴三桂叛清以后第一场大战，吴军是精锐部队，而清军是多年不见兵戈的满清八旗军队，双方皆以骑兵部队为前导，因吴三桂报仇心切，吴军有前胜之威，所以士气高涨，奋勇拼杀。清军虽有铁骑之称，但多数人都是第一次经此大战，所以两军刚一交战，还有些发憷。但看着敌人前来撕杀，己方兄弟多有伤亡，一时忘了害怕，也全力拼杀起来。一时间刀剑铿锵碰撞，斧砍枪挑齐上，常有人仰马翻，处处鲜血流淌。吴三桂看不能取胜，忙又指挥其余部将上前增援。吴军究竟新胜，加之人数众多，清军看看就要支持不住。勒尔锦和尚善看吴军势众，逐鸣笛退兵撤了。吴三桂趁势得了松滋，马上布置向郧阳进军，以图入陕与王辅臣合军。不意长沙夏国相传来警讯，吴三桂听了吃了一惊，忙乘水师沿江向湖南回援去了。
一路回去竟不见敌踪，问起长沙的情况，探马道是清廷遣安亲王岳乐领兵十万，并带有数十门西洋大炮，从江西猛攻过来，我军抵挡不住，夏将军派人前来报警。吴军一路顺利回到长沙，见吴三桂回来长沙守将马宝接了，问起敌情方知敌人已逃遁。原来湖北一战勒尔锦清点损失，竟折了三千多人。这时有将来报安亲王带十万人马前来助战，勒尔锦和尚善迎了岳乐，勒尔锦将湖北作战失利的情况谈了，岳乐传达朝廷旨意：“当前主要是阻止吴三桂向北前进，由于吴军风头正劲，目前不宜与他正面大战，只需暂且拖住他不能前进即可，待我陕甘、福建得手后再做打算。”众人会意，依计行事。这里看到长沙空虚，就派人去打长沙，看将吴三桂调回来了，众人有马上逃离长沙。这样双方在湘、鄂、赣一带开始了拉锯战，此时已是康熙十四年春了。
历史的长河本应在它固有的河道中流淌，可那河中一些看似微小的波澜就可能使它偏离原来的航线。
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