平安和幼一都在木叶医院和新技术研究部门工作，幼一当平安的助手，配合默契。 下班后，就牵着幼一的手到处看看，所有木叶的人都知道平安和幼一的关系。玖辛奈看过平安的研究工作后，发现自己终于找到一件自己喜欢而且不用离开木叶的工作，就在新技术研究部门研究并且教导封印术。火影大人终于松了一口气，而且给玖辛奈一个副院长的职位，玖辛奈高兴了好久，终于离火影目标又进了一步。
宇智波幻风给平安介绍自己的小族弟宇智波止水，还说止水的能力和他比较相似，不过比他的潜力大的多，止水已经开眼了。而且幻风把自己所有知道的都告诉了止水，止水踩着幻风的肩膀果然进步更大，虽然止水可谓是宇智波有史以来最有天赋，平安依旧很羡慕止水有个好族兄贴身教导。
平安拿出纲手的查克拉进行研究，发现生命力每个人吸收是不一样的，越强壮的人吸收越多，但都有极限。而且生命力不能使人永生，只能延缓衰老，所以漩涡和千手家的人寿命比较长。生命力对延缓皮肤衰老效果最好，血管和精神其次，内脏最差，所以就算现在幼一用纲手的查克拉进行恢复，也只不过比自然康复好一点，但时间一长，效果还是值得肯定的。还有就是纲手查克拉里的生命力太少，吸收起来很困难。
砂忍终于不能忍受下去了，决定和木叶在桔梗山决战，现在为了当火影的水门当然小宇宙爆发，在纲手和众多木叶忍者的帮助下，一举击败了释放了一尾的砂忍，不久木叶授权水门做全权代理与砂忍尽快达成停战协议。很快水门出色的完成任务，这时木叶也有了让水门当四代火影的声音。
木叶把风之国的木叶忍者军除了留下必要的警戒人员外全部调到土之国战场。宇智波幻风在水之国附近阵亡，尸体失去了写轮眼，宇智波止水不顾他人反对加入对水之国零星作战。不久火影实在不愿意两线作战，以两把大刀作为条件让水之国保证不再插手木叶和土忍的战争。很快土之国战争木叶的优势越来越明显，纲手和断重新在一起，不过纲手是断的上级。在一次断执行任务时遭到土忍和雷忍的围杀，阵亡了，纲手从此得了恐血症，撤出战场。回到木叶纲手很快带着断的侄女静音离开木叶游历去了。不久，紫霄战死，绿苗受重伤回到木叶。
在与土之国战斗的一年多的时间内，水门用终于完成的螺旋丸加上空间忍术对付土忍比对砂忍还有效，土之国忍者根本防御不住。很快在一次土影和水门的战斗中土影吃了亏，土影深刻体验了空间忍术的强大，很快就下令：凡是以后执行任务，遇到波风水门放弃任务不算失败，又一次震惊忍界。
很多人见到水门打败土影，再加上水门帅气的外表，亲切的性格，瞬间要求水门当选四代火影的呼声超过了大蛇丸，特别是平民忍者和女性忍者。长老团对水门是否可以当选进行激烈的讨论，反对的一方以团藏为代表，他们认为水门年龄太小，经验不足以当火影，支持的一方以火影一方为代表，他们认为水门无论实力和声望已经达到当火影的条件，做事也有分寸，就算经验不足，长老团也可以进行协助，两方互不相让。
大蛇丸听说自己的老师支持水门，有些心灰意冷，更加投入永生忍术的研究，人也变得越来越孤僻。自来也看着大蛇丸这样很担心，就问大蛇丸是不是关于四代火影的选举不顺心。大蛇丸一脸狂热的对自来也说，作为一个忍者最重要的是忍术，特别是永生忍术，四代火影根本不重要。自来也不知道怎么劝大蛇丸，知道大蛇丸不是因为四代火影选举而不顺心，就一个人闷闷不乐的走了。自来也没有看到的是大蛇丸随后一脸悲凉的表情，四代火影的确很重要，但老师都不支持我，还有什么意义。大蛇丸终于彻底放弃四代火影的选举，全身心投入到关于忍术的研究中，越来越疯狂。
很快，卡卡西在不断的战斗中升到了上忍，而琳和带土也升到中忍。在木叶休整的水门小队接到土之国将要决战的消息，水门要去主战场，而卡卡西作为队长带领琳和带土去炸断神无昆大桥。琳自然是喜欢上了冷酷帅哥强者卡卡西，而根本不知道带土有多喜欢自己，一路上带土不停的和卡卡西作对。
在土忍俘虏了琳后，带土坚持去救琳，卡卡西以任务为理由反对，带土留下一句我认为白牙是英雄，卡卡西随后跟着带土去救琳。随后的战斗中，卡卡西损失了一个眼睛，而开了写轮眼的带土为了救卡卡西被岩石压成重伤，在临死前告诉卡卡西琳喜欢卡卡西，而带土自己喜欢琳，然后带土把写轮眼作为礼物送给卡卡西。
最后水门出现杀了所有的岩忍，带着卡卡西和琳炸断神无昆大桥，卡卡西和带土成为木叶的英雄，木叶和土忍的战争结束。
随后水门回到木叶，要求水门当选四代火影的声音彻底达到**。三代火影问大蛇丸有什么意见，大蛇丸只是说，我更喜欢研究忍术。三代知道大蛇丸不开心，不过他更喜欢忍术最好，所以提供大量经费给大蛇丸用于研究忍术，大蛇丸陷入彻底疯狂的研究中了。
水门到宇智波家族讲述带土和卡卡西的情况，宇智波虽然很想收回带土的写轮眼，但也不愿意得罪水门。于是富丘就提出卡卡西进入暗部，如果没有宇智波的同意，永远不能出现在公共视线内，而且如果水门当上火影，给宇智波一个加入暗部的名额。
水门同意了，于是卡卡西好像消失了一样，琳找了好久，结果好像卡卡西就不存在一样。
一个人因为各种原因喜欢上一个人，要么两人在最终一起，像平安和幼一，要么因为距离等原因分开，然后或者渐渐忘却，或者永远怀念。琳是后一种，知道卡卡西躲着自己，就把对卡卡西的喜欢藏在心里。后来，平安想要撮合两人，琳有些怀念的说，都过去那么多年了，我已经习惯了，不想为难卡卡西了，他一定因为带土的原因不想面对我。
果然，卡卡西就是这样说，无论平安怎么讲道理，卡卡西除了一脸怀念愧疚，再也不说什么，平安只能等待机会了。