丰后作乱的乃是丰后国的旧主大友义统，就是当年在九州同岛津、龙造寺三足鼎立的大友宗麟的长子，曾经得到将军足利义昭赐予“义”字，后来被岛津家打得无地自容，只得求助于丰臣秀吉，得赐丰臣秀吉一字，改名吉统，列入羽柴一族。

不过他也只能够成为丰臣秀吉征伐九州的一个跳板而已，用完后就因为在侵略朝鲜战争中临阵脱逃，因此被削去领地，还被关押了起来，后来被押送至周防国山口本国寺囚禁，剃发为僧，号宗岩，第二天又被押送至水户，交给佐竹义宣监管。

丰臣秀吉死后，特别是秀秋在九州崛起获得六国两岛二百一十五万石超级高俸禄后，德川家康便有意让大友义统返回国内作乱，拖延秀秋在九州的步伐。

后秀秋加紧了对六国两岛的布置，特别是在击败了葡萄牙人故弄的岛原耶稣一揆后，德川家康发现秀秋越发的强盛，便秘密召见了大友义统，向他许诺说，可视他的战功重新赏赐给领地，再兴大友家。

为了打消他的顾虑，甚至将自己的私生子兼养子土井利胜派去当他的副手，一来当是人质，二来也可监视大友义统的行动。

土井利胜，幼名松千代、勘三郎，1573年出生于远江国的滨松城，是与安藤重信、青山忠成齐名的智臣，得以成为德川秀忠最信任的家臣。

大友义统与土井利胜两人经海路进入丰后国，登陆佐伯港，随后便夺取了毛利高政的佐伯城，以此城召集诸旧大友家臣。

毛利高政逃亡筑后向九州太宰府求助。

老臣田原绍忍闻得此事，立刻由竹田城赶来，立花宗茂的堂弟吉弘统幸也离开了给他二千石厚禄的立花家，和其余的大友旧臣潮水一般涌至，兵力将近三千人。

夺取佐伯城后，在“无双的使枪者”吉弘统幸的率领下发动了对丰后国的战略，连续的胜利促使南丰后众纷纷倒戈，首先是久保城三万石的福原家，然后是朝日岳城一万石的驹井家、早川，到了六月份的时候，甚至臼杵城六万五千石的太田一吉和竹田城七万七百石的中川秀成都开始了松动。

到了六月底的时候，在大友义统身边已经聚集了近二万三千人，丰后除了富来城二万石的垣见一直，安岐城一万五千石的熊谷直盛以及高田城二万石的竹中重利等三家外全部投入了大友义统的掌握当中。

而岛津义弘也基本上完成了对日向国的攻略，伊东佑兵退守饭肥城，而伊集院俊逸也伙同立花宗茂率领五千人进入了都城城当中，严正以待岛津家的到来。

突然爆发的日向、丰后两国大暴乱可以说是岛原耶稣一揆的延续，两者也可以说是没有任何直接的关系，不过秀秋在听闻岛津义弘动乱的时候就立刻召集了除了伊集院俊逸和立花宗茂外的稻叶正成、小西行长、松蒲俊信、相良长每、九鬼广隆、后藤基次等进行商谈，把如何解决好这个问题提到重要议事日程上来。

倒底出不出兵，什么时候出兵成为了会议的主题，商谈是缓慢的，在某人的特意迟缓下，会议整整开了两个月，从最初的四月二十九日到了六月二十九日，局势也变化得大样了。

不过在四月二十九日的时候，秀秋以九州太宰府名义发表声明，强烈谴责了岛津家的恶劣行为，要求岛津家立刻返回原领等待裁决，恢复日向国的势力范围，并且宣布对岛津家的封锁。

正当秀秋准备就日向问题向大阪方面提出意见的时候，丰后国也发生了武装叛乱事件。随着日向、丰后两国局势的恶劣变化，秀秋还是没有做出九州太宰应该有的负责任态度，继续着他的无休止的会议以及无休止的强烈谴责和强烈抗议，以至于导致了丰后国大部国人众的倒戈相向。

如此作为，让远在大阪的德川家康错愕不已。

他本来的计划是秀秋出兵平叛，然后让九州太宰府大军深陷两国战争泥潭当中，无法自拔，如此一来，他就可以在大阪乃至于东国好好处置那些不听话的大名，来激怒石田三成与自己为敌，可是秀秋迟迟不见动静，这让德川家康不得不重新审视他的阴谋诡计，坐等秀秋的行动。

不仅仅德川家康一人错愕，除了秀秋外的所有人对于秀秋的表现也是错愕不已，谁也不清楚他在等待着什么。

石田三成和前田利长紧急磋商后也保持了缄默，让德川家康有了一种有力无处发的感觉，他立刻通过自己的关系，从别人的口中提出了对岛津义弘和大友义统的讨伐令。

庆长六年（1601年）七月一日，德川家康终于出手，他通过别人的口，通过一系列暗中的部署，在大阪城会议当中通过了对岛津义弘和大友义统的讨伐令，而皇室方面同时也发布了将岛津义弘和大友义统列为朝敌的诏书。

一时间，岛津义弘和大友义统瞬间被列入了人人喊打的过街老鼠地步。

德川家康本以为如此一来，秀秋一定会起兵讨伐丰后和日向两国，可是他还是没有看到秀秋有任何起兵攻入丰后和日向两国的动向。

此刻已经不是错愕了，而是惊疑，深深的惊疑。

正当德川家康无计可施的时候，秀秋终于在忍无可忍的地步下，为了维护九州的统一和团结（这是九州太宰府发布的公告的原话），七月四日，秀秋以九州太宰府太宰的名义发布命令，责成后藤基次率领五千人进入丰后彻底平息叛乱。同时，命令九鬼广隆率领二十四艘西洋战船通过刚刚清理干净的关门海峡进入别府湾，开始对佐伯城进行无休止的炮轰。

在七月四日，秀秋宣布应丰后国的国人众请求，讨伐朝敌大友义统，把部队开进丰后国，同时要求丰前的小仓毛利家和中津京极家也同时起兵援救北丰后诸家族。

三日后，后藤基次率领五千大军进入丰后国高田城。

九州太宰府的命令，丰前国不得不从，特别是在小仓毛利家和中津京极家表达了支持的态度后，其他家族也不甘落后，纷纷派兵前往高田城。一时间高田城聚集了近一万三千人众，在人数上和大友义统相差不大。

在这股派兵热潮当中，连一些本来是无地的小家族为了再兴本家族也纷纷加入进来。旧大友家臣团中向高田派兵的有森、野上、清源一族和坂本、财津、大藏一族等等，其中更有大友义统的弟弟大友亲家。

大友亲家的出兵使大友义统大吃一惊，两人都是大友宗麟的儿子，在旧大友家臣中的地位也是相当的高，虽然当年他施计故意惹怒了大友亲家，做出了一些不可饶恕的罪行，可是自己好歹也放过他一条性命，可是没有想到的是今天会倒戈相向。

大友亲家的立场在旧大友家臣中分列成为了两派，一派死忠者支持大友义统，一派认为大友义统已经成为朝敌不能再继续忠诚，转而投靠大友亲家，秀秋也对大友亲家大加赞赏。为了嘉奖大友亲家的表现，秀秋大笔一挥，将原来属于秋月家的高城三万石领地赏赐给了他，以作他御家再兴的基础。

秀秋让大友亲家前去劝诱吉弘统幸，让这名立花家的名将投靠到他的麾下，他明白只要吉弘统幸倒戈过来，整个大友家就会土崩瓦解，可是吉弘统幸没有做出任何回应。

得知吉弘统幸没有任何回应的时候，秀秋哀叹道：“他可真是有能啊，吉弘统幸！”叹息了一阵，发布了对大友义统的讨伐战。

至七月十日的时候，后藤基次已经在高田城做好了进攻的准备。

大友义统此刻自信满满，他已经开始不太相信吉弘统幸，而是自己统率着一万五千大军前往立石村布阵，前有石垣原，后面则有深谷，在如此背水之阵下以吉弘统幸为右翼，田原绍忍、宗像镇续为左翼成鹤翼。

次日，由大友亲家率领一千五百人冲阵，无果，退却，大友义统不听吉弘统幸的劝说直接率兵前去追击。

一下子掉进了后藤基次整备好的“钓野伏”当中，松野重元率领的特制铁炮队发威，一时间炮声轰鸣，打乱了大友家的阵列，随即众武士抛枪冲上前去。

大友军乱作一团，很快就被分割包围起来，逐一歼灭，田原绍忍战死，吉弘统幸保护大友义统一路溃逃至佐伯城方才止步。

石垣原一战，大友军战死者数千，负伤不计其数，投降上万。后藤基次趁机大部降服丰后国，并且包围了佐伯城。

丰后讨伐战从开始到结束只不过一天时间，就彻底打败了号称丰后全部战力的大友义统，让许多人傻了眼，特别是正谋划着要开始行动的德川家康，他停止了一切行动，继续寻找机会等待着时机的到来。