“济南之失也不能全怪王佐民。吐丝口一役，第二绥靖区精锐尽没，剩下的兵力只够分守各点，国防部又忙于应付窜入大别山区的刘伯承、邓小平所部。山东早已是一个危局。国防部一心只想着在苏北、鲁南地区寻歼共军主力，却一再落入粟裕诱敌深入的算计之中。”对于王泽浚幸灾乐祸的情绪，叶永茂多少有些不齿，于是替王耀武辩解道。
初到山东，王耀武在经济上所接收的是一个“劫收”后的残余，在军事上则是一个正规军与地方武装互不合作的杂乱摊子，政治上是CC派、复兴社、改组派残余势力三者交相倾轧的局面。王耀武使出浑身解数，凭借他在抗战时期的功劳和威望，加上他本身不属任何派系且有一套善与人交的本领，使他一度取得了人际优势，得到了多方的支持。但是王耀武也深知这种表面的协调是不会长久的，因为只要在诸多问题上不能满足某些方面的愿望时，便会受到少数人的怨尤甚至掣肘。王耀武认为不消除矛盾，统一意志，就不可能团结一致。
于是他于1946年3月报请国民党中央，设“山东省党政军统一指挥部”，以谋事权统一。南京方面据情迅即批准。并指定王耀武为“统一指挥部”主任，省政府主席何思源与省党部主任庞镜塘为副主任。这样，王耀武不仅将山东的党政军大权集于一身，而且将驻守在山东境内，原不归第二“绥靖”’区司令部指挥的军队完全置于自己的指挥之下。在王耀武主鲁之初半年的时间里，蒋介石三次莅济巡视，并进行频繁接见与视导，与王耀武长时间私谈，这无疑是对王耀武的信任与支持，给王耀武很大的鼓舞。
1946年初，随着第七十三军全部运抵济南，李弥所指挥的第八军、阙汉骞的第五十四军分别由云南经广州、九龙海运到达青岛。在王耀武统一指挥下，分别由青岛向西和由济南向东相向进军，第八军、第五十四军是全美械装备，初与解放军交战，锐气较强，占领了沿线不少城市和乡镇。但是西面的第七十三军是却是半美械装备，夏楚中所指挥的第二十集团军所属第九十六军和第十二军则全是旧式装备，而且屡受解放军挫折，因此进展缓慢。不过在1946年初冬，二者终于在益都会合，当第一列火车由青岛经济南、徐州直达南京时，蒋介石和王耀武认为打通胶济、津浦两线的战略目的达到了，山东的军事形势也已改观，于10月23日，国民党政府明令王耀武任山东省政府主席。
但是到1946年冬，形势却急转直下。随着粟裕所部在苏北战区不断以运动战的模式重创**元老陈诚所指挥的南线兵团，解放军主力逐渐北移，山东即成为华东地区的主要战场。但是陈诚虚报军情，谎称共军受挫，已失大规模作战能力。蒋介石信以为真，命陈诚率其精锐部队整编十八师胡琏、整编七十四师张灵甫、整编八十三师李天霞、整编二十五师黄伯韬共四个全美式装备的主力进犯临沂。陈诚亲在新安镇设指挥部。同时电令王耀武在二绥区抽调两个军和一个师由明水、博山向莱芜、新泰推进，以收对解放军南北夹击之效，企图全歼华东野战军主力于沂蒙山区。蒋介石为此写亲笔信给王耀武说：“据空军侦知，共军在黄河渡口搭有浮桥，确有渡黄河北窜之图，望弟在胶济路北，黄河以南，布以兵力，务求歼之于黄河南岸，毋使逃窜，事关重大，机不可失……”
王耀武根据情报和在鲁南被俘释放回来的原二十六师的军官所说，华东野战军十分强大，士气非常高昂，因而判断陈诚的部署是冒险而不可取的，蒋介石所说解放军已在黄河搭浮桥准备北渡，定是解放军为迷惑敌方制造的假象。而且事实上王耀武手下也抽不出两个军和一个师来，于是，他接连去电和派人向蒋介石、陈诚据情陈述建议，但不为采纳。最后陈诚电令中竟毫不客气地说：“对全国情况有所不知，速即遵照前令执行，无庸再渎……”蒋介石唯恐王耀武不按指示投入兵力，还用电话严加督令。
王耀武明知军令难违，只能抽调所有机动部队组成前线指挥所，由第2“绥靖”区司令部中将副司令官李仙洲为指挥官，限2月14日到博山至莱芜一线，令第二处长陶富业为参谋长，令第四处长吴迪基率一个保安团和章邱县自卫团协助第十二军的工兵部队抢修自明水经吐丝口到莱芜的公路，以保证补给畅通，并令新三十六师曹振铎负责保护此线路的安全。急调第四十六军韩练成部由胶东兰村，用火车直运博山与第十二军霍守义部齐头并进，分别向新泰、莱芜进犯。
但因第十二军霍守义不听李仙洲指挥，临时换上了本应留守济南的韩浚所统帅的第七十三军，以致迟至1947年2月18日开始行动。当韩浚率十五师、一三九师进入莱芜，韩练成率四十六军向新泰行进途中，就发现大部解放军活动于他们的侧背。部队被迫停止前进，由第七十三军停驻莱芜县城，四十六军驻扎城西山头。但为时已晚，2月19日，第七十三军所属第七十七师作为后继部队由博山开赴莱芜途中，便为解放军伏兵全歼，师长田君健被击毙。
第七十七师被歼灭，已进驻莱芜的第七十三军及第四十六军事实上已经陷于孤立。2月21日，新三十六师又在解放军的强大压力下被迫退缩到吐丝口东南。莱芜的补给线已全部切断。另据空军侦察，发现有大部解放军数万人，经泰安向肥城运动。王耀武立即考虑到莱芜的补给和济南的安全问题，不得不令李仙洲率第四十六、第七十三两军迅向吐丝口转移并新三十六师靠拢。
李仙洲接到撤退命令，遂决定于22日行动。但第四十六军军长韩练成力主必须整顿一天，即23日开始行动。李仙洲依韩练成意决定23日转移。自22到23日这两天，韩练成紧紧伴随着李仙洲，几乎是寸步不离。李命韩练成回军部整顿，韩练成却说：“不必。”但到23日临行之际，韩练成倒说有一个团坚守阵地，他不去撤不下来，岂知他一去就没再回来。最终逼得第七十三军军长韩浚说：“不能等了”，部队这才开拔。但李仙洲仍于心不安，一再说：“撤退时闪下个军长也不像话啊！”
撤退中李仙洲虽令第七十三军与第四十六军各抽相当兵力，掩护兵团左右侧卫，以保行军安全。但是由于行动晚了一天，解放军已经调集了足够兵力埋伏在公路两侧山地。当第七十三军与第四十军主力抵达吐丝口地区之时，解放军总计6个纵队伏兵一起突出，满山遍野，以排山倒海之势，从左右两侧俯冲下来，居高临下，弹如雨发。而**行军队伍密集在狭道之中，在激烈冲杀之后解放军很快就全歼了行进中的6万余人，除第四十六军军长韩练成没有随队行动，新三十六师师长曹振铎逃回明水外，自指挥官李仙洲以下所有军、师长及各级官兵，或伤、或亡、或俘，很少幸免。
莱芜吐丝口战役的惨败，事实令第2绥靖区几成空巢。假如解放军乘胜前进直逼济南，那将不堪设想。在万分危急之中，王耀武只能命令主动放弃淄博、周村、张店。第十二军与绥区特务旅，限在6至24小时内全部陆续集合到省城济南东郊，如违时限，必以违军令论，并严令将所有火车机车全部开至明水以西。
虽然解放军没有乘势奔袭济南，但山东战场形势顿然发生扭转。国民党军渐现颓势，王耀武在军事指挥上已经捉襟见肘。1948年3月间，周村、张店、淄川、博山先后解放。整编三十二师周庆祥部、交警总队和第十督察专员区的保安部队旋被全歼。紧接着4月27日潍县亦被解放，整编四十五师陈金城部与整编十二师一个旅以及八区专员张天佐的保安师、十四区专员张景月驻守昌东的保安部队同时全部被歼，张天佐自杀，陈金城被俘。济南立即陷于孤立。当时的王耀武虽知大势已去，尚能镇定自持。而孟良崮惨败，整编七十四师被歼、张灵甫战死的消息传来，他不由得大惊失色。
整编七十四师(原七十四军)和整编八十三师(原一OO军)都是王耀武带起来的基本队伍，官兵全是跟随他多年的下属。所以在张灵甫等战死，李天霞以驰援不力交付军法审处的时候，王耀武怎么可能不为之精神沮丧、寝食不安呢？而更为关键的是孟良崮战役的结局，事实上意味着由徐州北上的**南线军团无力再战。山东境内的局势将更为恶化。
果然在孟良崮战役后，为配合刘、邓所部南进，华东野战军兵分三路，实施内外线作战计划。其中以5个纵队留驻鲁中一带，坚持内线作战，以6个纵队分为两路外线出击，向鲁南和鲁西南挺进。在短时间之内，昌乐、潍坊、张店、博山、周村相继失守，济南陷于孤立。
“孤子难活的道理，你我都懂。只是济南是津浦、胶济两铁路交会点，连结华东、华北地区的战略要地，也是国府山东省的行政中心。控制着东自韩仓，西至长清，南起仲宫、张夏，北至泺口、齐河之间地区。总不能轻易放弃才是，何况三个整编师和保安团队，总计11万之众。如果王耀武竟然轻信吴化文这个‘变节将军’，济南也不会轻易失守，还搭上我们第9绥靖区一个精锐整编旅。”见叶永茂一脸严肃，王泽浚也不得不有所收敛。
“济南的确重要，不仅是华北的战略要地，更关系济南与青岛的呼应和美援之路，一旦放弃则必冀、鲁、晋三省，胶济、津浦、德石铁路联成一片，**三野军将更加运用自如，北对平、津、晋、冀，南对徐、蚌、苏、豫、皖，威胁亦将难以遏止。因此即便是美**事顾问团团长巴大维少将都提出‘退出济南，把军队撤至徐州’的建议，也被否决了。”叶永茂无奈的点了点头。政治家眼中的战争往往与军事无关。
到1948年5月，山东只剩下了济南和青岛两大城市，像汪洋大海中的两座孤岛。因为山东所有的县都被**占领，所以各县的国民党官员、流亡地主、还乡团、保安队、流亡学生、有钱的太太小姐，都跑到济南来避难，连桥洞子里也住满了人。当时有人把大明湖中“四面荷花三面柳，一城山色半城湖”这两句描写济南风光的词改了一下，说济南是“四面八路三面匪，一城太太半城兵”。
以这11万军队来防守济南这么个不算太大的城市，应该说也不太少；但是事实上那些地方保安团队、救国先锋队、青年教导总队，不过是滥竽充数而已。即便是所谓正规军，大都是被解放军歼灭过重新整编起来的军队，许多官兵都是被解放军俘虏过又被放回来的，他们都了解**的俘虏政策。这样的兵再多也打不了胜仗，只能领了武器再给**送去。
因此王耀武在1948年5月在南京向蒋介石建议：“中央现无力增援，与其坐受共军以围攻歼灭，莫如主动放弃济南，集兵力于兖州，巩固徐兖防务，以利尔后作战。”之时，蒋介石依旧固执的要求王耀武固守济南。兖州是济南与徐州之间的要冲，当时由第10绥靖区司令李玉堂率领整编第十二师、整编第三十二师第一四一旅守备及两个保安旅，在叶永茂看来如果国防部接受王耀武的建议，放弃济南退守兖州，或许**还能在山东中部保留一个据点，最不济也能将守军撤往徐州。也不至于1948年7月、9月连续丢失兖州和济南两大据点。
而7月间兖州失守，济南事实上已经失去依托。8月间随着华东野战军主力急剧由豫、苏、皖分头进入山东。王耀武只能向南京告急，请将其周志道所属整编八十三师部空运到济，一方面加紧济南的防御部署。他明知华东野战军投入进攻济南的兵力不在20万人以下，但他认为只要把整编第八十三师调进，坚守20天定无问题，只要保住飞机场，后续的空运增援将源源不断。除了整编第八十三师外，计划空运济南的还有王耀武翘首以盼许久的整编第七十四师，不过那支部队已经不再是王耀武曾经统帅过的劲旅，而是在孟良崮被全歼之后的重建部队。
而在这些王耀武曾经的嫡系部队被空运入济南这座孤城之前，王耀武可以依靠的也只有昔日西北军冯玉祥的旧部—吴化文了。提起西北军诸将在抗日战争期间的表现，确有许多为国尽忠的英烈，如张自忠将等。但也有不少甘当日本汉奸走狗的，如孙良诚、孙殿英、庞炳勋，以及那个投敌未成给活埋了的石友三。在抗战初期，吴化文也曾率部先后在泰安、万德、虎门、柳河等地与日军作战。1939年，日军“五一大扫荡”，更在临朐与敌鏖战竟日，重创日军，因此受到八路军的赞扬。但1943年，他却投靠了汉奸汪精卫，晋见日军侵华总司令冈村宁次，被委任为日伪第三方面军总司令。
日本投降后，蒋介石为了与**争夺地盘，不惜收编汪伪军，于是慷慨的给了吴化文新编第5路军的编制。一夜之间吴化文又成了“曲线救国”的“英雄”。随后又将其所部整编为国民革命军第84师，辖第一五五、第一六一两个整编旅和一个独立旅。虽然是杂牌部队，但在兵力吃紧的情况下，这两万多人依旧被走投无路的王耀武依为长城。