面对工农红军咄咄逼人的兵锋，阎锡山只能将开赴陕北“剿共”一线的晋军二个主力师调回山西，在晋西一带投入战斗。同时，又在兑九峪、阳泉曲一带集结兵力，试图依据吕梁山隘要塞，阻拦红军前行。3月10日，两军在兑九峪遭遇。红军原计划将晋军杨效欧所部(约4个团的兵力)放进兑九峪后，集中了2个军团的住力，从左右两翼聚而歼之，但由于口张得太大，阎锡山又不断派兵增援，结果打成了胶着战。激战竟日，晋军增援陆续抵达战场，总兵力达3个步兵师又1个炮兵旅、14个团之多。在毙伤晋军的两个半团之后，红军即主动撤出战斗。
兑九峪战役之后，红军东征指挥部决定改变战术，兵分3路，一边宣传发动群众，一边大力筹款扩军。3月中旬，红军东征兵团所属各部开始行动。**亲率红军总部特务团和黄河游击师作为中路军转战于交口、石楼、隰县、永和，牵制晋西方面晋军主力。红十五军团为左路军，在介休、灵石等地掩护右路军的红一军团突破同蒲铁路，挺进汾河流域之后，即挥军北上，从孝义、介休、汾阳、平遥之间，直插文水、交城，前锋进至晋祠、古交，并派出骑兵部队奔袭太原机场。
红军骑兵突然进逼太原，令坐镇省会的阎锡山慌了手脚，他急忙命令晋军七十师师长、预备总队司令王靖国指挥所部加强太原城防，同时命令正在晋西隰县、石楼一带尾追我中路军的第七十二师李生达所部兼程北上，尾随红十五军团赶往太原方向，作“决战太原”的准备。但这一布署却恰恰中了**的“调虎离山”之计。
红十五军团在太原城下兵锋一转，经静乐、娄烦转战到岚县、岢岚、兴县地区，掩护红二十八军从罗峪口渡过黄河，楔入晋西北地区。在兴县康宁镇将晋军二○七旅温玉如所部一举击溃，和红二十八军在临县白文镇胜利会师。而日益捉襟见肘的晋军只能令第六十六师杨效欧所部的第一九六旅前来堵截，结果在师庄、三有庄、大石头村一带与红军发生遭遇战。担任前卫任务的晋军第三九二团被全歼，团长郭登瀛被俘。
**在红军总部保卫局驻地—康城亲自接见了郭登瀛，坦率地提出了我军东进抗日的三点要求，请他代为向阎锡山转达。这三点要求是：第一，在绥远让给红军十几个县，作为红军的抗日根据地。如果难以实现，就来采取第二套方案：在雁北让给红军一条路，以便到河北，察哈尔去打日本。第三点是搞抗日民族统一战线，国民党、**共同抗日，我们**打第一线，打败日本后，再进行民主选举，成立联合政府。希望郭登瀛他回去之后动员和说服阎锡山走上“联共抗日”的道路。临行前，**同志让他给阎锡山、赵戴文、杨效欧等晋军首领带回了亲笔信件。
**在给阎锡山的信中写到：“敝军西渡，表示停止内战，促致贵部及蒋氏的觉悟，达到共同抗日之目的。……救国大计，非一手一足之烈所能集事。敝军抗日被阻，然此志如昨，千回百折，非达目的不止，亦料先生等终有觉悟的一日。……敝方同志甚愿与晋军立于共同战线”。
对于红军的东征，日本军方很快做出反应。土肥原贤二公开表示：“如华北当局不能消灭红军，日方愿尽力协助。”阎锡山在年初和土肥原的会谈中没能让日军想法得逞，此刻对日军伸出的援手，他依然不置可否。同时，他很清楚自己的晋绥军根本挡不住红军的进攻，权衡再三，只好准备向蒋介石求援。
而当此之时晋军将领李生达竟然不请示阎锡山，而径自发密电给蒋介石，请中央速派大军来晋。面对山西的危局，蒋介石立即于1936年3月任命陈诚为“剿匪”第二路军总指挥，率第二十五师关麟征所部、第二十一师李仙洲所部、第一三二师宋肯堂所部等10万大军开入山西。此时红军在山西建立根据地和开赴河北抗日前线已五可能。如果继续留在山西，甚至会被切断同陕北根据地的联系。于是，**中央决定回师陕北。而由于红十五军团自东渡以来一直连续行军作战，部队比较疲劳，因此奉命先行西渡。随后总部和红一军团也相继回师。
虽然没有达到预定的战略目的，但是在红军渡河东征进入山西的75天里，通过打土豪和没收官僚资本，筹集了40万银元的抗日经费。加上物资合计，共有50万元左右。此外，还缴获了几千支枪支和大量弹药，使红军得到物力和财力的补充。更在山西腹地宣传发动群众，通过对俘虏的教育和改造，补充兵员七、八千人，解决了长征之后部队急需补充的问题。更在吕梁山区播下了革命的火种，为不久创建这里的根据地打下了坚实的基础。
而晋军方面虽然顺利的“送走”了工农红军的东征大军，但却迎来了更为难缠的中央军。“红军到处都是帮助蒋介石解决杂牌军队的”在长征沿途，蒋介石借追击红军的名义，在贵州罢免王家烈、瓦解桐梓系，重创川系军阀刘湘的种种伎俩，不能不令阎锡山有所防备。而号称晋绥军“十三太保”之一的李生达勾连蒋介石的行动，更令阎锡山有如芒刺在背。
国民党陆军第十九军中将军长李生达是晋军元老，早在1926年的军阀混战之中便已崭露头角。当时曾经一度在长城沿线兵戎相见的张作霖和吴佩孚联合进攻占据北京冯玉祥，而为切断冯玉祥的西北军沿平绥路西退之路，张、吴二任以冀、察两省地盘为诱饵，邀请阎锡山出兵阻截冯玉祥部西撤。
为了清除后路威胁，冯玉祥命令麾下悍将石友三、韩复渠两军猛攻雁北。两军在雁北一线展开了激烈的鏖战，西北军士气如虹，全歼晋军一旅之兵，旅长酆玉玺被俘，并攻克了怀仁县，把晋军压迫在大同城内。在此关键时刻，李生达率部苦守大同，打退了西北军的多次进攻。冯玉祥又调来西路军总司令宋哲元前来指挥。宋哲元使用了炮轰城墙、云梯爬城、地道暗进等办法，俱未奏效，只好令韩复渠作长期围困，最终西北军围攻大同五个月未能攻克。
随后奉军汲金纯、汤玉麟率骑兵由热河向西迂回进攻，相继攻陷了多伦、沽源等处，张家口受到威胁，冯玉祥只能弃守南口，沿京绥线向西溃退。阎锡山乘机出兵天镇、阳高，直至孔家庄车站，截击西北军。西北军遭受前后夹击，秩序大乱，溃不成军，官兵互不相顾，各自寻路逃生，最终溃退到归绥、包头一线。从此，李生达得到了阎锡山的赏识和垂青。大同战役之后阎锡山将李生达连升三级，从营长升为团长、旅长，后又升任山西陆军第十五师师长，兼晋北镇守使，从而进入晋军高级将领的行列。
然而，李生达并不以此为满足，他逐渐觉得阎锡山的实力范围有限，为图谋发展，开始暗暗向当时中国名义上的最高领袖蒋介石方面靠拢。1928年10月，蒋介石乘火车自津浦路北上，赴北平与阎锡山、冯玉祥会晤之时，李生达便主动从天津乘火车向南驶出五站远迎蒋介石，首次谒见并谈话多时，得到了蒋介石的器重。与此同时，李生达还与蒋介石的亲信联系得更加密切。他与熊式辉、陈诚、顾祝同、刘峙、孔祥熙、陈果夫、贺耀祖等常有信函往来。在信中，他们称兄道弟，互相吹捧。每逢过年过节，或有婚丧嫁娶，也都彼此互相馈送，关系日益亲密。1932年冬，李生达去南京时，便带了汾酒3000瓶等，都送给了南京政府各方要员。
1933年春，长城抗战爆发。蒋介石北上石家庄，在井陉矿务局驻地，两次秘密会见李生达，并给李生达专用的密码本，指定石家庄秘密专用电台直接与其联络通讯。从此，李生达不断与蒋介石直接联系。为了避免阎锡山的注意，李生达还特地派其亲信副官王占魁到石家庄转发电报，有时也派专人直送南京，还曾派其第七十二师师部译电主任陈济川亲自到石家庄专用电台发报。
1934年，蒋介石命令阎锡山派部队到江西“剿共”。李生达便率第七十二师及独立第二旅开赴江西。不久，蒋介石任命李生达为陆军第十九军军长兼第七十二师师长，其部下许多军官也都晋了级，皆大欢喜。直到1935年，阎锡山为进剿陕北红军，电请蒋介石调李生达部回晋。这时，李生达在山西要人中，与阎锡山、赵戴文、徐永昌及傅作义等人同为中央委员，地位日隆。不久，山西又有李生达将任安徽省主席或山西省主席的传说。这使阎锡山如坐针毡，视李生达为眼中钉，忌恨日甚一日。
而红军回师陕北之后，蒋介石任命陈诚为陕、甘、宁、青四省“剿匪”总指挥，李生达为副总指挥，率领第十九军，晋军独立第二旅、第三旅和两个炮兵团，中央军第十三军，第二十一师及第八十四师高桂滋所部，第八十六师高双城所部，共同赴陕围剿红军。蒋介石还指定在陈诚到任之前，由李生达代行总指挥职务。
此时的李生达已经直接指挥着晋军的15个团，占晋军总数的四分之一强，又能控制中央军一部及陕北地方部队，在山西军界权倾一时。可以想象加以时日，蒋介石利用李生达替代阎锡山并非不可能的事情。阎锡山无法忍受这种空前的威胁，因此除掉李生达便成了红军东征之后，阎锡山刻不容缓的头等大事。
1936年5月30日，李生达自太原到离石军部，准备6月1日率军过黄河赴陕北作战。而5月31日晨2时，李生达突然被其卫士熊希月刺杀身亡，令晋军上下无不大感震惊。李生达被刺后，第十九军军部急电阎锡山，报告事情经过。阎锡山立即回电说：“舒民被刺，使我痛心不已。”他还假惺惺地派亲信王靖国到离石吊唁。可是王靖国到离石后，并不悲痛，竟然对旅长段树华说：“舒民连自己都不能保护，如何能带兵作战？”更将这起离奇的刺杀案件归结于说熊希月与李生达的姨太太有染，李生达与熊希月的妻子通奸等等。而相比之下，蒋介石却派张学良、陈诚为之治丧，并拨款4万将之葬于山西晋城姚坡，并追认其为陆军上将，事态炎凉可见一斑。
刺杀李生达可以说是阎锡山政治生涯的一个转折点。原本上下齐心的晋军上下陷入了空前的离心离德之中。不仅曾经的肱股之臣—孔庚、商晨、徐永昌先后离去，就连一些有名的战将傅作义、楚溪春、陈长捷、郭宗汾也先后离晋他去。民国初年，能够带兵独挡一面作战的除了辛亥革命元老孔庚之外，只有商震与张培梅二人。带兵到湖南攻打护法军的是商震，在晋南剿击郭坚匪部的是张培梅与商震，在辽县抗击樊钟秀入侵的是商震，在大同堵截国民军的是商震，北伐时的左翼总指挥还是商震。但就是这样一员独当一面的战将，最终竟以不告而别的方式，率部趁拂晓突然登上火车出娘子关，彻底脱离了阎锡山的体系。
如果说已经羽翼丰满的商震离晋是“一山难容二虎”的必然结果的话。那么一直以来对阎锡山忠心耿耿的徐永昌的黯然离去，却只能归咎于阎锡山个性的缺失。徐永昌是山西崞县人，自幼在大同长大。归附阎锡山之后屡担重任。北伐之时，徐永昌是晋军右翼总指挥，奉军的反扑虽然占领了雁北地区，却未能突破右翼防线进入娘子关。
北伐之后，徐永昌出任绥远省政府主席。当1930年，阎锡山谋划“倒蒋”之时，晋军上下多是附和之声，惟有徐永昌提出反对；并一再表示不要用派他担任前敌指挥官。但在阎锡山的坚持下，他还是出任陇海线倒蒋军的副总指挥。中原大战“倒蒋”联军军失败后，徐永昌先指挥西北军在郑州渡河北撤，然后是晋军撤退。待全部军队撤退后，他才渡过黄河铁桥。之后，阎锡山下野，潜赴大连，行前委任徐永昌为晋绥警备总司，负两省军政全责。徐永昌单力与负责华北军政的张学良周旋，基本上保全了阎锡山的起家部队。1931年8月，阎锡山由大连潜回山西，蒋介石与张学良都深感忧虑，一面逼阎锡山出走，一面委徐永昌为山西省政府主席，并有意让徐永昌出任晋绥两省军政长官，取阎锡山而代之。但徐永昌却向蒋介石陈述利害，申明只有阎锡山可胜此任。“九•一八”事变后，阎锡山得意出任太原绥靖公署主任，重新掌控山西，徐永昌的支持是主要原因之一。终民国一朝，或许只有黑龙江督军吴俊升辅佐张作霖可与之相比。（注1）
但与吴俊升貌似憨庸，而心实狡黠不同。徐永昌为人比较温和，不喜争论，且生活节约。商震离晋之时从省银行仅存的40万银元之中，提走30万元，准备行动。晋军将领闻之，气愤异常，傅作义拍案而起，历数商震之罪，其他人则主张武装拦截。只有徐永昌对他们说：“我们现在并不反对中央，他既与中央拉得很近，我们此地军队很多，他这部分队伍在不在此，无足轻重，我们所缺的是饷项而非军队，况他本人与我们亦是多年朋友，他要带走，让他带走好了。”商震的第三十二军辖第六十六师和第六十七师，结果商震只带走第六十七师。
但是徐永昌与阎锡山虽然共事多年，但工作作风却截然不同。徐永昌是军人出身，自觉能任劳而不能任繁。因此往往抓大事，不问细节，说到做到，用人不疑，鼓励所属发挥所长。而历经了下野和东山再起风波的阎锡山则大小事都抓，说的一套，做的另一套，对人皆疑，束缚所属不敢前进。因此最终的结果就是徐永昌嫌阎锡山琐碎，阎锡山又嫌徐永昌不够积极，日久情感渐疏。
而导致两人最终从不睦走向决裂的却还是红军东征。当时阎锡山为了布署军队堵截，亲自召开高级军官会议，徐永昌也列席参加。会上阎锡山大讲红军厉害。徐永昌听得不耐烦了，当即发言顶碰说：“照此说，这个仗不能打了，我们只好投降共军了。”阎锡山一向无人敢驳其言，经徐永昌顶碰，就大为不悦，军事会议不欢而散。虽然徐永昌会后后悔其出言不逊，回到家中后胃病大发。阎锡山亦一夜未眠，旧病复发。但是最终两人的合作共事已难以继续下去了。最终器重徐永昌的才干与为人的蒋介石授意国民政府任命徐永昌为军事委员会办公厅主任，从此徐永昌正式脱离山西，进入中枢参赞戎机。
而晋系名将傅作义在天津任警备司令之时便与李生达过往甚密，而此二人恰恰都不是晋北人，也引起了阎锡山的怀疑。虽然他和楚溪春、陈长捷等人脱离晋系的原因很多。但是李生达之死却不可谓不是导火索。一方面是蒋介石的中央政府的百般拉拢，一方面却是自己的效死多年的阎长官卸磨杀驴，任谁也会心灰意冷，何况当时的晋系风雨飘摇，即便只以“君子不立危墙”考虑，各奔前程也是晋系将领一致的抉择。
面对外部中央军、红军和日本人三面进逼，和内部众叛亲离的局面。阎锡山不得不召集自己的文武大员、心腹谋士，在“联共抗日”、“联蒋剿共”或“联日**”三者之间妥为筹划。虽然以一省而论上晋军战斗力并不弱，但是以其自身的力量，单独对付哪一股都不可能取胜，但是，这三股力量之间又都是水火不相容的敌对力量，任何两股都不可能联合起来共同对付晋系，又使得阎锡山有空隙可钻，用阎锡山自己的话说：“我们是在三颗鸡蛋上跳舞，哪一颗也不能踩破。难啊！”
最终从保全自己的目的出发，阎锡山运用所谓“中的哲学”，最终采取了“拥蒋联共抗日”的三合一道路。当然精于算计的阎锡山不会一条路走到黑的，他早已作好后手准备，一切事情不能做得太绝了，抗日要准备和日，拥蒋要准备拒蒋，联共要准备**。这样才能攻守兼备。可这个世界上又那来三全其美的事情，阎锡山晋商式的算计最终只能让他苦心经营多年的“独立王”国最终成为蒋介石的中央军、中国**所领导的抗日武装和日本侵华三军三方角逐的战场。